Le coût de l'affacturage comprend deux éléments :

- la commission d'affacturage constitue la rémunération des services de gestion et de recouvrement assurés par le factor. Elle est calculée selon un taux appliqué au chiffre d'affaires confié, avec néanmoins un minimum facturé. Ce taux varie (entre 0,50% et 2,50%) en fonction de la qualité de la clientèle, du chiffre d'affaires et le nombre de clients confiés.

- la commission de financement (ou intérêts débiteurs) correspond au coût du financement anticipé calculé au prorata temporis. Les taux appliqués sont comparables à ceux pratiqués par les banques pour des crédits équivalents.